Thủ Tục Hải Quan Hàng Nhập Khẩu: Quy Trình 5 Bước Cho Doanh Nghiệp Mới

Đối với các doanh nghiệp lần đầu nhập khẩu hàng hóa vào Việt Nam, rào cản lớn nhất không chỉ nằm ở việc tìm kiếm nhà cung ứng hay thương lượng giá mua, mà là khâu thông quan hải quan tại cửa khẩu.

Chỉ cần khai sai một mã HS Code, thiếu một chứng nhận kiểm tra chuyên ngành, hoặc hồ sơ chứng từ xuất xứ không khớp lệnh, lô hàng có thể bị lưu giữ tại cảng nhiều ngày. Hậu quả là chi phí lưu kho bãi, phạt lưu vỏ container tăng cao và gián đoạn kế hoạch đưa hàng ra thị trường.

Để vận hành suôn sẻ, doanh nghiệp cần nắm chắc quy trình 5 bước chuẩn hóa theo quy định hải quan hiện hành dưới đây.

1. Chuẩn Bị Bộ Hồ Sơ Hải Quan & Kiểm Tra Chính Sách Mặt Hàng

Trước khi tàu hoặc máy bay cập cảng, khâu chuẩn bị chứng từ quyết định đến 80% tốc độ thông quan của lô hàng.

Bộ hồ sơ hải quan tiêu chuẩn căn cứ theo Thông tư 38/2015/TT-BTC (được sửa đổi, bổ sung bởi Thông tư 39/2018/TT-BTC) bao gồm:

• Hóa đơn thương mại (Commercial Invoice): Thể hiện rõ giá trị, điều kiện giao hàng (Incoterms), đồng tiền thanh toán.
• Quy cách đóng gói (Packing List): Chi tiết số kiện, trọng lượng tổng (Gross Weight), trọng lượng tịnh (Net Weight), kích thước.
• Vận đơn vận tải (Bill of Lading / Air Waybill): Chứng từ vận chuyển đường biển hoặc hàng không xác nhận quyền nhận hàng.
• Hợp đồng ngoại thương (Sales Contract): Căn cứ pháp lý xác định quyền và nghĩa vụ mua bán.
• Chứng nhận xuất xứ hàng hóa (C/O – nếu có): Chứng từ hưởng thuế suất ưu đãi đặc biệt (Form E, Form D, Form AK, Form EUR.1…).
• Chứng từ kiểm tra chuyên ngành (nếu thuộc diện quản lý): Giấy đăng ký kiểm dịch thực vật/động vật, công bố hợp quy, kiểm tra an toàn thực phẩm, hoặc giấy phép nhập khẩu tự động.

Lưu ý nghiệp vụ: Kiểm tra kỹ mã HS Code dự kiến áp cho mặt hàng. Mã HS không chỉ quyết định mức thuế nhập khẩu và thuế GTGT phải nộp, mà còn quyết định việc mặt hàng có phải làm thủ tục kiểm tra chuyên ngành trước khi thông quan hay không.

2. Lấy Lệnh Giao Hàng (D/O) & Chuẩn Bị Chữ Ký Số

Khi hàng đến gần cảng đến (thường trước 1 – 2 ngày), hãng tàu hoặc công ty forwarder sẽ gửi cho người nhận hàng (Consignee) một bản Thông báo hàng đến (Arrival Notice).

Doanh nghiệp cần thực hiện:

• Mang bộ hồ sơ (kèm Giấy giới thiệu, Vận đơn gốc nếu dùng B/L gốc) đến văn phòng hãng tàu hoặc đại lý forwarder để đóng các khoản phụ phí địa phương (Local Charges) như THC, D/O, CIC, CFS…
• Nhận Lệnh giao hàng (Delivery Order – D/O): D/O giấy hoặc D/O điện tử (e-D/O) để nộp cho cơ quan hải quan và làm thủ tục lấy hàng tại cảng.
• Đăng ký Chữ ký số (Token) doanh nghiệp với Tổng cục Hải quan qua Cổng thông tin một cửa quốc gia để chuẩn bị truyền dữ liệu điện tử.

3. Lên Tờ Khai Điện Tử Trên Hệ Thống VNACCS/VCIS

Hiện nay, toàn bộ thủ tục khai báo đều được thực hiện qua phần mềm hải quan điện tử kết nối với hệ thống VNACCS/VCIS.

1. Nhập toàn bộ dữ liệu từ bộ hồ sơ (Invoice, Packing List, B/L, C/O, mã HS…) vào tờ khai nhập khẩu (mẫu IDC).
2. Kiểm tra kỹ thông tin: Tên hàng hóa theo đúng tính chất thực tế, mã nước xuất xứ, tỷ giá tính thuế, mã địa điểm lưu kho chờ thông quan.
3. Truyền tờ khai chính thức (mẫu IDD) bằng Chữ ký số của doanh nghiệp.

Sau khi truyền thành công, hệ thống VNACCS sẽ tự động xử lý và trả về kết quả Phân luồng tờ khai:

• Luồng Xanh (Mã 1): Hệ thống chấp nhận thông quan tự động. Doanh nghiệp chỉ cần nộp thuế và tiến hành in mã vạch tờ khai để đi lấy hàng.
• Luồng Vàng (Mã 2): Doanh nghiệp xuất trình toàn bộ hồ sơ chứng từ điện tử (hoặc hồ sơ giấy khi có yêu cầu) để cán bộ hải quan kiểm tra chi tiết. Nếu chứng từ hợp lệ, cán bộ sẽ phê duyệt thông quan.
• Luồng Đỏ (Mã 3): Doanh nghiệp vừa phải nộp hồ sơ chứng từ giấy để kiểm tra, vừa phải đưa hàng hóa ra khu vực kiểm hóa của cảng/sân bay để hải quan mở container/kiện hàng đối chiếu thực tế với khai báo.

4. Nộp Thuế Nhập Khẩu & Thuế Giá Trị Gia Tăng (VAT)

Sau khi có kết quả tờ khai hoặc sau khi cán bộ hải quan chấp nhận hồ sơ luồng vàng, doanh nghiệp tiến hành nộp các khoản nghĩa vụ tài chính vào Ngân sách Nhà nước:

• Các loại thuế thông thường: Thuế nhập khẩu (tính theo thuế suất MFN hoặc thuế suất ưu đãi FTA nếu có C/O hợp lệ) và Thuế GTGT hàng nhập khẩu (thường là 8% hoặc 10% tùy thời điểm và nhóm hàng). Một số mặt hàng có thể chịu thêm Thuế tiêu thụ đặc biệt hoặc Thuế bảo vệ môi trường.
• Hình thức nộp thuế: Nộp điện tử qua cổng thanh toán của ngân hàng thương mại có liên kết với Tổng cục Hải quan (nộp thuế điện tử 24/7).
• Khi tiền thuế đã gạch nợ trên hệ thống hải quan và tờ khai được duyệt, trạng thái tờ khai sẽ chuyển sang Đã thông quan (hoặc Giải phóng hàng/Đưa về bảo quản nếu đang chờ kết quả kiểm tra chuyên ngành).

5. Thanh Lý Tờ Khai, Nhận Hàng & Lưu Trữ Hồ Sơ

Đây là bước hoàn tất quy trình thực địa tại cảng hoặc kho bãi:

1. In phiếu tiếp nhận và Mã vạch tờ khai: Lấy mã vạch tờ khai từ Cổng thông tin một cửa quốc gia.
2. Thanh lý hải quan giám sát: Xuất trình mã vạch và D/O tại bộ phận hải quan giám sát cổng cảng/kho sân bay để xác nhận hàng đã đủ điều kiện qua khu vực giám sát.
3. Làm thủ tục tại thương vụ cảng: Đóng tiền nâng hạ container (Lift on/off), tiền lưu bãi (nếu có) và xuất trình lệnh cho bộ phận điều hành bãi container/kho hàng dỡ kiện.
4. Điều động phương tiện vận tải: Bố trí xe đầu kéo container hoặc xe tải thùng vào cảng tiếp nhận hàng, vận chuyển an toàn về kho của doanh nghiệp.
5. Lưu trữ hồ sơ chứng từ: Căn cứ theo Luật Hải quan, doanh nghiệp phải lưu giữ toàn bộ hồ sơ gốc (tờ khai, hóa đơn, chứng từ nộp thuế, tài liệu kỹ thuật…) tối thiểu 05 năm để phục vụ công tác kiểm tra sau thông quan (Post-Clearance Audit).

Giải Pháp Thủ Tục Hải Quan Nhanh Chóng Cùng Logsun Global Logistics

Quy trình 5 bước trên đòi hỏi sự am hiểu sâu sắc về kỹ thuật khai báo, chính sách quản lý chuyên ngành và năng lực xử lý tình huống thực tế tại cửa khẩu. Với những doanh nghiệp mới, việc tự vận hành dễ dẫn đến sai sót kéo dài thời gian thông quan.

Logsun Global Logistics cung cấp dịch vụ khai thuê và đại lý hải quan trọn gói giúp tối ưu quy trình cho khách hàng:

• Tư vấn mã HS & Thuế ưu đãi: Phân tích bản chất sản phẩm, tra cứu biểu thuế và rà soát hồ sơ C/O ngay từ bản nháp để tối ưu mức thuế phải nộp.
• Đại diện làm thủ tục kiểm tra chuyên ngành: Hướng dẫn và hỗ trợ đăng ký kiểm dịch thực vật, kiểm tra hiệu suất năng lượng, kiểm tra chất lượng nhà nước nhanh gọn.
• Đội ngũ hiện trường thường trực: Có mặt trực tiếp tại các chi cục cảng Cát Lái, Cái Mép, Hải Phòng, kho hàng sân bay Tân Sơn Nhất, Nội Bài để xử lý nhanh các tờ khai luồng vàng, luồng đỏ.
• Kết hợp Vận chuyển đường bộ & Door to Door: Điều phối xe kéo cont, xe tải giao hàng tận xưởng ngay sau khi thanh lý hải quan thành công.

Doanh nghiệp bạn đang chuẩn bị nhập khẩu đơn hàng mới và cần dự toán chính xác tiền thuế cùng chi phí thủ tục? Liên hệ ngay với bộ phận hải quan của Logsun Global Logistics

THÔNG TIN LIÊN HỆ LOGSUN GLOBAL LOGISTICS

• Hotline: (+84) 903 019 977
• Email: info@logistics-sun.com / linda@logistics-sun.com
• Website: logistics-sun.com
• Địa chỉ: 71/48/3E20 Đường số 6, Phường An Hội Đông, Thành phố Hồ Chí Minh
• FB: https://www.facebook.com/logsungloballogistics
• TIKTOK: https://www.tiktok.com/@logsungloballogistics?lang=vi-VN